Peralatan pensterilan sisa perubatan biasanya besar dan berat, memerlukan pembungkusan dan pengaman yang betul sebelum pengangkutan. Selongsong peralatan hendaklah dibalut dengan bahan kalis kejutan, kalis lembapan dan kalis calar. Komponen yang mudah terdedah (seperti paparan, penderia dan injap) mesti diperkukuh atau dibuka dan dibungkus secara berasingan. Semasa pengangkutan, peralatan hendaklah diikat pada palet atau sokongan khusus untuk mengelakkan kerosakan pada struktur dalaman atau kemerosotan prestasi pengedap akibat gegaran atau perlanggaran.
Kenderaan dengan kapasiti galas beban yang mencukupi harus dipilih untuk pengangkutan, mengelakkan senget, benjolan, atau muatan berlebihan. Forklift, anduh angkat, atau peralatan angkat hidraulik hendaklah digunakan semasa pengendalian; pengendalian manual langsung bagi peralatan besar adalah dilarang sama sekali untuk mengelakkan kerosakan peralatan dan kecederaan pengendali. Peralatan hendaklah disimpan tegak semasa pergerakan untuk mengelakkan ubah bentuk sistem hidraulik, saluran paip stim, atau komponen elektrik.
Suhu tinggi, kelembapan, hujan, atau persekitaran yang menghakis harus dielakkan semasa pengangkutan untuk mengelakkan kerosakan pada peralatan. Jika peralatan mengandungi sisa wap atau bahan kimia, ia hendaklah dikosongkan dan dilepaskan terlebih dahulu untuk memastikan pengangkutan yang selamat. Kakitangan pengangkutan harus memakai peralatan perlindungan yang diperlukan dan mematuhi peraturan pengangkutan lalu lintas dan barang berbahaya yang berkaitan. Untuk pengangkutan rentas wilayah atau rentas sempadan, permit pengangkutan dan prosedur pengisytiharan kastam mesti dilengkapkan mengikut keperluan undang-undang.