Proses pensterilan untuk sisa perubatan bermula dengan pengumpulan dan pengasingan sisa. Sisa yang dijana oleh hospital, makmal, atau institusi perubatan lain mesti diklasifikasikan ke dalam kategori seperti sisa berjangkit, patologi, dan farmaseutikal, serta dikumpulkan dan diangkut menggunakan bekas tertutup khusus. Pengisihan dan pengedap dengan berkesan mencegah kebocoran atau pencemaran silang semasa pengangkutan, memberikan jaminan selamat untuk pensterilan seterusnya.
Pensterilan adalah teras proses. Pensterilan wap tekanan tinggi menggunakan suhu tinggi, wap tekanan tinggi untuk menyahaktifkan sepenuhnya mikroorganisma patogen dalam sisa; pensterilan gelombang mikro menggunakan gelombang mikro untuk memanaskan molekul air di dalam sisa, mencapai pensterilan pantas; pensterilan kimia menggunakan disinfektan untuk bertindak balas secara kimia dengan sisa, menjadikan patogen tidak berjangkit. Semasa proses ini, beberapa peralatan juga mengganggu atau menghancurkan sisa untuk memastikan pensterilan seragam dan menyeluruh.
Selepas pensterilan, peralatan biasanya menghancurkan, memampatkan atau memejalkan sisa untuk mengurangkan jumlahnya untuk penyimpanan dan pengangkutan yang lebih mudah. Pada masa yang sama, kondensat atau cecair sisa yang dijana semasa proses dikumpul atau dineutralkan, dan gas ekzos dilepaskan melalui peranti penulenan untuk memastikan keselamatan alam sekitar. Keseluruhan proses dipantau oleh sistem kawalan automatik yang merekodkan suhu, tekanan dan masa pemprosesan dalam masa nyata. Sekiranya berlaku keabnormalan, sistem boleh menggera atau menutup secara automatik, mencapai rawatan sisa yang selamat, mesra alam dan cekap.